Từ năm 1700, người Công Giáo Việt Nam có mặt ở Sài Gòn, lúc bấy giờ còn là đất của người Cambodge, họ có đồn Prekor như là thị trấn. Chợ Quán là khu vực qui tụ và là nơi dừng chân của linh mục, giáo hữu từ miền Đồng Nai xuống miền châu thổ sang tận đất chùa tháp.
Khi Chúa Nguyễn chiếm trọn Đồng Nai và Đồng Bằng Sông Cửu Long, với sự giúp sức của Đức Cha Bá Đa Lộc (Pigeau de Béhaine); đạo Công Giáo bắt đầu phát triển. Trung tâm truyền giáo khu vực Sài Gòn là Chợ Quán. Nhiều nhà thờ lớn nhỏ được cất lên ở những nơi có người Công Giáo sinh sống do các linh mục dòng Phanxicô phụ trách. Cha Gratia làm việc mục vụ và truyền giáo cho giáo hữu lúc bình thường cũng như trong cơn nguy biến (x lịch sử Họ chợ Quán)
Năm 1819, vua Gia Long qua đời, người kế vị là Hòang Tử Đởm, niên hiệu Ming Mạng. Người Công Giáo bắt đầu bước vào cơn thử thách Đức tin, khi nhà vua ban hành sắc chỉ cấm đạo. Đức Cha Từ (Taberd) cậy nhờ Quốc Công Lê Văn Duyệt trực tiếp can gián. Vua Minh Mạng tạm thời hòa hoãn.
Năm 1832, Tổng Trấn Gia Định, Quốc Công Lê Văn Duyệt từ trần, thế dựa của người Công Giáo không còn nữa. Trong tai họa của đất nước, Vua Minh Mạng làm tội Lê Văn Duyệt và người công giáo bị liên lụy rồi bị đồng hóa với phe Lê Văn Khôi chống lại nhà vua.
Người Công Giáo thật sự bước vào chặng đường khổ giá – tử vì đạo ! Ba triều vua Minh Mạng, Thiệu Trị và Tự Đức (1832-1862) ba mươi năm người công giáo như là một dân tộc thiểu số phải tiêu diệt.
Họ Chợ Quán và các nơi khác trong vùng Sài Gòn, cơ sở Nhà Thờ và cư dân công giáo bị phá tan, người công giáo bị tù đày, phân sáp. Người Công giáo từ Bắc, Trung chạy vô Nam rồi lại chạy tiếp vô rừng, xuống sông, sông lạch chằng chịt, rừng rậm chứ như ngày nay cái khổ của người sống bên lề xã hội; coi đó thì biết đức tin và sức sống của người có đạo Thiên Chúa nuôi dưỡng mạnh mẽ như thế nào.
I. Họ đạo Sài Gòn
Năm 1857, Đức Cha Lefèbvre có mặt tại Chợ Quán, An Nhơn để điều hành các cơ cấu âm thầm của công giáo, hai lần bị bắt,…rồi được tha mạng, nhưng ngài cũng tìm cách trở lại Sài Gòn qua ngõ Singapore, đến Bãi Xan và trở về Chợ Quán.
Năm 1859, tình hình căng thẳng Pháp xâm chiếm Sài Gòn, quân triều đình yếu thế, quay mũi nhọn về phía người công giáo.
Ngày 13.02.1859, thánh Phaolô Lộc bị trảm quyết tại Trường Thi Sài Gòn
Ngày 28.05.1859, Thánh Phaolô Hạnh bị hành quyết tại Chí Hòa. Bổn đạo Chợ Quán bị phân sáp đến các làng xã ở Hốc Môn ….
Đức Cha Lefèbvre rời Chợ Quán sang Xóm Chiếu, khu vực này quan quân triều đình bỏ chạy hết, dân địa phương cũng bỏ nhà, bỏ đất, bỏ vườn chạy đi vì sợ người công giáo trả thù theo sự đồn thổi của quan quân Triều đình Huế.
Bổn đạo nghe tin Đức Cha đang có mặt ở Xóm Chiếu, lần lượt kẻ trước người sau sang Xóm Chiếu để tránh bắt bớ và bị vu oan dẫn đường cho quân Pháp đánh chiếm Sài Gòn. Từ Chợ Quán sang, bổn đạo quy tụ lập nên Họ đạo Xóm Chiếu và Khánh Hội, Đức Cha cũng cho quy tụ các chủng sinh cất trường cho chủng sinh có chỗ sanh hoạt trở lại.
Năm 1863, Đức Cha Ngãi (Lefèbvre) dời sang Sài Gòn cùng với các cha thừa sai trú ngụ tại khu Đồn đất. Khi nhà trường Latinh xây cất, các cha thừa sai tập trung về đây, chia nhau đến các nhóm giáo hữu đang qui tụ tại Thị Nghè, Cầu Bông (Gia Định), Chợ Quán, Cầu Kho, Tân Định, An Nhơn, Gò Vấp, Chí Hòa, ….
II. Thành lập Họ Sài Gòn
Quân Pháp ổn định xong Sài Gòn, họ bắt đầu kế hoạch phát triển. Năm 1863, Đô Đốc De la Grandière cất một nhà thờ bằng gỗ gọi là Nhà Thờ Đức Mẹ chẳng hề mắc tội tổ tông, tại đường Charner cách bờ sông Sài Gòn chừng 500 mét, về sau nơi này là Tòa Án Quận 1, nay là Tòa Án nhân dân quận I.
Địa giới Họ Sài Gòn: phía bắc bờ rạch Avalance, bên kia là Họ Thị Nghè; phía đông sông Bạch Đằng, bên kia là họ Thủ Thiêm và Vĩnh Hội; Phía Nam ranh giới từ đường Richaud đến đường Verdun, Họ Tân Định và Chợ Đũi. (Richaud: Phan Đình Phùng nay là đường Nguyễn Đình Chiểu – Verdun: Lê Văn Duyệt nay là Cách Mạng Tháng Tám)
Cha sở đầu tiên là Linh mục Oscar de Moroberne ( Thiện ); cơ sở tổ chức của Họ Sài Gòn có trường Latinh (Chủng viện), Dòng Thánh Phaolô thành Chartres cũng gọi là Nhà Trắng Saigon, Dòng Carmel (gọi là Nhà Kín), một Nhà Thương và một Cô nhi viện do các Bà Dòng Thánh Phaolô đảm trách. Năm 1864, Đức Cha Ngãi vì sức yếu, xin Tòa Thánh cho từ chức về Pháp. Đức Cha Mịch (Miche) từ Nam Vang về Sài Gòn cai quản địa phận tây Đàng Trong.
Ngày 15.06.1865, một cuộc rước kiệu Mình Thánh Chúa trọng thể qua các đường phố chính khu vực Saigon do Đức Cha Mịch chủ sự, để tạ ơn Chúa chấm dứt cuộc bắt đạo tại Việt Nam và xin ơn bình yên cho địa phận.
Năm 1873, Đức Cha Gioan Mịch qua đời. Tòa Thánh bổ nhiệm Đức Cha Colombert làm Giám mục thay thế. Ngài cử cha Henri de Kerler (Lành) là cha sở Họ Sài Gòn thay cha Oscar (Thiện).
Năm 1874, Nhà thờ Sài Gòn ở đường Charner hư không dùng được nữa, trong khi chờ đợi xây cất nhà thờ mới, địa điểm trường Taberd cạnh Bưu điện bây giờ được chọn để dùng làm Nhà Thờ Họ Sài Gòn.
1877, Cha Henri Kerler qua đời, Đức Cha bổ nhiệm cha Henri Le Mée (Lễ) làm cha sở Họ Sài Gòn; cũng trong năm này khởi công xây cất Nhà Thờ.
III. Nhà thờ Chánh Tòa
Ngày 07.10.1877, Đức Cha Colombert (Mỹ) thánh hiến viên đá đầu tiên xây cất Nhà thờ Sài Gòn – vị trí này, theo dư luận có sự tranh chấp giữa ba phía: Phía nhà cầm quyền Pháp, muốn xây cất Nhà Hát Thành Phố ở chỗ này. Phía Tin Lành muốn cất Nhà Thờ và phía Công Giáo cũng chọn nơi đây. Sau một thời gian tranh cãi đành phải bắt thăm – Phía Công Giáo, Đức Cha Colombert (Mỹ) yêu cầu giáo hữu toàn địa phận ăn chay cầu nguyện và ngài xin dâng cho Đức Trinh Nữ Maria lo liệu; đến ngày bắt thăm, phía Công Giáo bắt thăm trước và trúng thăm – hai phía kia bất bình và yêu cầu bắt thăm lại. Lần này phía nhà cầm quyền Pháp dành bắt thăm trước, kế đến phía Tin Lành, cả hai đều nhìn nhận phía Công Giáo trúng thăm,... (đây là lời kể lại của cha Phaolô Đoàn Quang Đạt, năm 1940 khi là cha sở Họ Bà Rịa, và cha Giuse Bùi Văn Nho kể tiếp vào năm 1979 Cha sở họ J.d’Arc (Ngã Sáu) và một vài cha già khác).
Nhà Thờ do kỹ sư Pháp, ông Bourard vẽ kiểu và tận tâm làm quản đốc trông coi xây cất công trình này vì sáng danh Chúa, ông Bourard là kỹ sư chuyên về kiến trúc Nhà Thờ, gạch ngói từ Pháp chở sang loại không phai màu, không bám rêu, công nhân xây cất chọn trong số thợ lành nghề người Công Giáo.
Nhà thờ dài 93 mét, rộng 35 mét; hai tháp lúc đầu cao 36,9 mét, chịu sáu quả chuông cộng lại là 28.850 ký với các âm thanh buồn vui trầm bổng, âm thanh trong nhà thờ khi cha sở giảng dạy vang tiếng đều nhẹ nhàng. Hệ thống ánh sáng tự nhiên trong nhà thờ êm dịu, mặt tiền nhìn thẳng ra sông Sài Gòn, gió thổi hút mất vào bên trong nên người cầu nguyện lâu không thấy nóng nực mà rất dễ chịu, hai tháp lúc đầu không có phần cao nhọn lên mà trên đầu tháp bằng kiểu Nhà thờ Đức Bà Paris (Pháp).
Ngày 11 tháng 04 năm 1880, Đức Cha Colombert dâng thánh lễ tạ ơn khánh thành Nhà Thờ Sài Gòn. Chi phí xây cất hết 2,500,000 Fr. Bàn thờ chính toàn một khối đá cẩm thạch trắng, hai bên hành lang có những phòng nhỏ đặt 14 chặng đàng Thánh Giá và đồng thời tôn kính các thánh.
Năm 1895, làm tiếp theo phần cao nhọn trên của tháp, phần này lên tới 21 mét, tính chung lại hai tháp cao 57 mét từ mặt đất lên đến cây Thánh Giá.
IV. Năm Thánh Mẫu
Nhân dịp năm Thánh Mẫu toàn quốc Việt Nam 1959, để kỷ niệm biến cố này và cũng để xin ơn hòa bình cho Việt Nam, một tượng Đức Mẹ được đặt trước công viên tiền đường Nhà Thờ trong ngày lễ Đức Maria Vô Nhiễm Nguyên Tội do Đức Hồng Y Agagianian Đặc sứ của Đức Giáo Hoàng làm phép.
Ngày 09 tháng 12 năm 1959, Đức Cha Simon Hòa Nguyễn Văn Hiền cử hành nghi lễ xức dầu cung hiến Thánh Đường được Tòa Thánh nâng lên hàng Vương Cung Thánh Đường.
Trong dịp này một cuộc rước kiệu Đức Mẹ long trọng qua các đường phố chính của Sài Gòn, một nghênh đài dặt giữa lộ Thống Nhất sau Vương Cung Thánh Đường để cử hành Thánh Lễ bế mạc năm Thánh Mẫu tại Việt Nam.
Trong Nhà thờ có những phòng ở hai bên hành lang: từ tiền đường vào phía bên phải, phòng kính thánh Antôn, tượng ảnh này cao lớn như người thật; kế đó là phòng kính các thánh Tử Đạo Việt Nam, có đặt tượng thánh nữ Anê Đê, Thánh Philípphê Minh, Thánh Phaolô Lộc và Thánh Matthêu Gẫm; chính giữa có hài cốt của các Ngài để bổn đạo đến kính viếng; tiếp theo phòng kính Đức Mẹ Hằng Cứu Giúp; phòng thánh Jeanne d’Arc, Thánh Rôcô và Thánh Patrick; tiếp đến là phòng kính Chúa Giêsu Vua và sau cùng là phòng Kính thánh Giuse. Bên dưới tượng đài thánh Giuse có mộ cha Eugenius SOULLARD, trên mộ ghi: né le 13 juillet 1867, en mission le 18 Aôut 1893, décedé le 06 Octobre 19.
Từ tiền đường vào phía bên trái, phòng rửa tội có tượng thánh Gioan Baotixita, và tượng đài Đức Mẹ Vô Nhiễm Nguyên Tội kỷ niệm đại Hội Thánh Mẫu tòan quốc Việt Nam (16,17,18/12/1959); kế tiếp là phòng kính Tổng lãnh Thiên Thần Micae; Tiếp đến phòng kính Tượng Chúa Giêsu Chịu khổ nạn, có thêm tượng Thánh Têrêsa hài Đồng Giêsu; kế đến là phòng kính thánh Anna, Mẹ của Đức Trinh Nữ Maria; kế đến là phòng kính Thánh Phanxicô Assisi, kế đến phòng kính Đức Mẹ Fatima.
Vào cung phía sau bàn thờ những phòng kính các thánh từ cung Thánh bên phải đi vào có phòng thánh, phòng kính thánh Phanxicô Xaviê bổn mạng thứ hai của nhà Thờ Chánh Tòa Đức Bà Sài Gòn; Phòng kính Thánh Giuse, Phòng chính giữa kính Đức Mẹ Mân Côi, nơi đây có ba ngôi mộ của ba vị Giám Mục:
1. Đức Cha Isidore Francis, Joseph COLOMBERT Epus. Samosatenus
né le 20 Mars 1838, en missipn 22 aout 1863
Vic. Ap. Cocincine occidentatis die 20.03.1873
Perfunctus die 30 dec. 1894.
2. Đức Cha Jean Marie Dépierre,
ne lé 18 jan. 1855 à Thoiry
en mission 01 jan. 1880
Vic. Ap. Cocincine Epic. Beudensis die 18 jan. 1895
Perfunctus die 18 Oct 1898.
3. Đức Cha Marie Joseph Dumortier,
né le 06 aout 1869 à Delobol
en mission 28 sept. 1898
Vic. Ap Saigonnensis Epis. Leparen die 06 Aprillis 1938
Perfunctus die 16 Februarii 1940.
Tiếp đến từ Cung Thánh vào bên trái; phòng để dụng cụ nhà thờ; phòng kính Đức Maria đón nhận Tin Mừng (Truyền Tin); phòng kính hai thánh Tông đồ Phêrô và Phaolô.
Trong Nhà Thờ, tượng ảnh Đức Mẹ đứng trụ đá cao phía sau bàn thờ là một khối đá nguyên. Cây Thánh Giá tượng Chúa chịu nạn bằng gỗ cao hai mét, trước kia nơi cột câu lơn rước lễ cũ phía phòng thánh, ảnh này có một giai thoại lịch sử: (+)
(Trích từ sách: SƯU TẬP NHỮNG HỌ ĐẠO CỔ XƯA CỦA SÀI GÒN, ĐỊA PHẬN TÂY ĐÀNG TRONG, NĂM 1992, TRANG 437 – 444)